| ... | ... | @@ -121,4 +121,88 @@ To create the final corresponding table (id_table_CaA.txt) between the slip dist |
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### 3\. Run linear combinations
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Before running linear combinations, the following operations are needed to set up the procedure. |
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\ No newline at end of file |
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Before running linear combinations, the following operations are needed to set up the procedure. All material needed to run the procedure can be find in `/scratch/projects/cat/Lin_Comb_Babeyko`.
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They are:
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- `prepare_folders.sh`: this is a script to create the new folder containing the main project and the related sub-folders; also, a copy of all the needed files from the folder `templates/` will be done.
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- `dir.txt`: is a file created by `prepare_folders.sh` containing the name of the project. Viene usato dagli script in `run/`, per cui va modificato manualmente in caso vengano sviluppati più progetti simultaneamente (**TO BE IMPROVED**)
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- `set_env_lin_comb.sh`: script used by all the scripts contained in the subfolder `run/` which set temporary environment variables to run the procedure
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- `bin/`: contiene i file eseguibili (compilati in g++) scritti da Andrey (sono una copia dei piu' recenti in `/scratch/projects/cat/SPTHA/TSUMAPS/bin/`)
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- `input/`: contiene la batimetria (`btm.s30r4.NEAM.grd`) e la tabella con i fattori di amplificazione (`poi_AF_sm.lst`)
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- `templates/`: contiene i templates dei vari file di configurazione da usare per la procedura che vengono copiati nella cartella di lavoro lanciando ./prepare_folders.sh (**ATTENZIONE**, i files *.cfg sono da modificare adeguandoli al caso trattato)
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- ggf.cfg (in cfg/)
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- ggf_cat2wt.cfg (in wt/) # per il calcolo delle BS
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- ggf_uz2wt.cfg (in wt/) # per il calcolo delle PS
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- ggf_wt2mrg.cfg (in mrg/)
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- ggf_mrg2mih.cfg (in mih/)
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- poi.set.lst (lista dei POIs per cui fare il calcolo)
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- run_prepare (in run/)
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- run_prefetch (in run/)
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- run_cat2wt_list (in run/)
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- run_uz2wt_list (in run/)
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- run_wt2mrg (in run/)
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- run_mrg2mih (in run/)
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##### 3.1. Preparazione
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Creazione di un file netcdf contenente le sorgenti unitarie (Gaussiane).
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Dimensioni: numero di gaussiane, numero di pois, numero di time streps
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Preparazione di un file di testo (.dat) con le caratteristiche dei POIs usati per creare il file netcdf delle gaussiane, usando il seguente formato per le colonne
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id, lon, lat, id, depth
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Creazione della cartella di lavoro:
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```
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./prepare_folders.sh
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```
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viene chiesto un nome per il nuovo progetto (ad esempio, nome_progetto) e viene creata una cartella nome_progetto/ con questa struttura:
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```
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nome_progetto/
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|--cat/
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|--cfg/
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|--mih/
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|--mrg/
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|--poi/
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|--prefetched/
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|--run/
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`--wt/
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```
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Viene inoltre creato un file dir.txt che contiene la parola nome_progetto (usato dallo script che viene chiamato da tutti gli eseguibili della procedura per definire le variabili di ambiante temporanee).
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##### 3.2. Execution
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NOTE: in order to run the procedure it is needed to load specific modules installed in the INGV cluster (on mercalli and auriga machines). They are:
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- `module load gcc/6.3.0 hdf5/1.8.18/gcc-6.3.0 netcdf/4.4.1/gcc-6.3.0` on mercalli
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- `module load gcc/7.1.0 hdf5/1.10.1/gcc-7.1.0 netcdf/4.4.1/gcc-7.1.0` on auriga
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Now, move to the subfolder `run/`
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```
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cd run/
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```
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And run:
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```
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qsub run_prepare
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qsub run_prefetch
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```
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Then, depending on the kind of input sources there are two separate procedures: one for PS sources (reading external files with the tsunami initial conditions) and another for the BS sources (reading the earthquake parameters). They are:
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```
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./run_cat2wt_list < path_to_zones_list.txt # for BS
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./run_uz2wt_list < path_to_zones_list.txt # for PS
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```
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After each one of the above commands a number of jobs will be launched, one for each zone/region.
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IMPORTANT: prima di eseguire, aprire i files run_cat2wt_list e/o run_uz2wt_list e controllare che nella variabile CATFILE ci sia il percorso della cartella contenente i files xxx_parameters_tx_zxxx.txt del caso che si sta sviluppando.
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Once all jobs will be concluded, run:
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```
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./run_wt2mrg < ../poi/poi.set.lst
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```
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And, finally:
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```
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qsub run_mrg2mih
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```
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per creare i files con tutti gli hmax (offshore e/o amplificati) nei POIs selezionati. |
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\ No newline at end of file |
